Das Bibelhaus kooperiert inzwischen mit zehn Fakultäten und Instituten für Theologie. Die jüngste Kooperation wurde mit der Theologischen Fakultät der Universität Heildelberg geschlossen. Die Fachbereiche und das Bibelhaus Erlebnis Museum sind eine langfristige Verbindung eingegangen.

Zur Zusammenarbeit gehören unter anderem die Integration von Lehrveranstaltungen ins Bibelhaus und die gemeinsame Planung von Ausstellungen. "Das Frankfurter Museumsufer mit seinem kulturinteressierten Publikum darf weiter auf die Ausstellungen gespannt sein, die sich aus den Kooperationen ergeben", sagt Pfarrer Jürgen Schefzyk, Direktor des Bibelhaus Erlebnis Museums. 

Die Forschungsarbeit der Fachbereiche und das lebendige Netzwerk internationaler musealer Zusammenarbeit des Bibelhauses versprechen spannende Synergie-Effekte. Die Ergebnisse würden in Publikationen, Vorträgen und bei Ausstellungsbesuchen der Öffentlichkeit zugänglich gemacht, so Schefzyk. Museen und Universität bildeten heute einen Brückenschlag zur Umsetzung von Forschungsergebnissen und deren Präsentation für eine große Öffentlichkeit.

Folgende Fakultäten und Institute kooperieren mit dem Bibelhaus:

• die Kirchliche Hochschule Wuppertal/Bethel
• den Fachbereich Evangelische Theologie an der Goethe-Universität Frankfurt am Main
• die Theologische Fakultät der Georg-August-Universität Göttingen
• die Theologische Fakultät der Ruprecht-Karls-Universität Heidelberg
• das Institut für Evangelische Theologie an der Universität Kassel
• das Institut für Katholische Theologie an der Universität Kassel
• die Evangelisch-Theologische Fakultät der Johannes Gutenberg-Universität Mainz
• die Katholisch-Theologische Fakultät der Johannes Gutenberg-Universität Mainz
• den Fachbereich Evangelische Theologie an der Philipps-Universität Marburg
• die Katholisch-Theologische Fakultät der Julius-Maximilians-Universität Würzburg